კონფერენციის ხელმძღვანელს  - საერთო კრების თავმჯდომარეს კონფერენციის საერთო კრება ხმათა უმრავლესობით ირჩევს. 

კონფერენციის ხელმძღვანელი აირჩევა 2 წლის ვადით. ერთი და იგივე პირის ხელმძღვანელად არჩევა შესაძლებელია ზედიზედ მხოლოდ 2 ვადით.

კონფერენციის ხელმძღვანელი უძღვება საერთო კრების სხდომებს. მისი ფუნქცია საერთო კრების მიერ მიღებული გადაწყვეტილებების შესრულებაა.  

კონფერენციის პირველ ხელმძღვანელს კონფერენციის დამფუძნებელი სხდომა დამსწრე პირთა ხმების უმრავლესობით ირჩევს.

2023 წლის 10 თებერვალს, საქართველოს უმაღლესი საგანმანათლებლო დაწესებულებების მუდმივმოქმედი კონფერენციის თავმჯდომარედ წევრებმა ერთხმად აირჩიეს  საქართველოს ტექნიკური უნივერსიტეტის რექტორი დავით გურგენიძე.